Het is een beleidsprincipe van de IUR dat kennisontwikkeling door studenten plaatsvindt in interactie tussen onderwijs en wetenschappelijk onderzoek. Het onderwijs en onderzoek is ingedeeld in twee afdelingen: 1) Islam Studies en 2) Sociale en Culturele Studies. Elke afdeling wordt bestuurd door een afdelingshoofd. De leerstoelgroepen vormen, als basiseenheden van de organisatievorming van onderwijs en onderzoek, de organisatorische verbanden van wetenschapsgebieden binnen de Faculteit. De Faculteit kent de volgende leerstoelgroepen:

De voorzitter van de leerstoelgroep is belast met: de algemene leiding van de leerstoelgroep, de uitvoering van het onderwijsbeleid van de faculteit, de beoefening van het wetenschappelijk onderzoek binnen de leerstoelgroep. De voorzitter van de leerstoelgroep ziet toe op de wijze waarop de leden van de leerstoel bijdragen aan de werkzaamheden van de leerstoelgroep en de opleidingen. Hij verschaft informatie over het functioneren van elk personeelslid aan het faculteitsbestuur. De voorzitter is verantwoording verschuldigd aan het faculteitsbestuur en verstrekt het faculteitsbestuur de gevraagde inlichtingen. Taak van de leerstoelgroep is de verwevenheid van onderwijs en onderzoek binnen een bepaalde wetenschappelijke discipline gestalte te geven en te bewaken. De leerstoelgroep levert de opleidingen en het onderzoekinstituut, op verzoek van de BaMa opleidingsdirecteur en de directeur van het onderzoekinstituut, de specialisten die de daadwerkelijke uitvoering van de primaire processen voor hun rekening nemen. Onverminderd de bevoegdheden van de examencommissie worden de leerstoelgroepen belast met de uitvoering van de onderwijs- en examenregeling van een of meer opleidingen dan wel een gedeelte van die opleidingen.